Die Basis für den Ausbau des Bereichs "Mittlere Salzach" zwischen Schwarzach und Werfen wurde in den 1970er-Jahren gelegt, als man mehrere Varianten erstellte und prüfte. Das Spektrum reichte vom sechsstufigen Ausbau mit einem Ausleitungs-Kraftwerk als unterster Stufe mit einer Wehranlage bei Werfen und einem Krafthaus bei Golling bis zum Einstufenprojekt zwischen Schwarzach und Golling. Erste rechtliche Grundlagen schuf ein 1977 geschlossener Kooperationsvertrag zwischen der Tauernkraftwerke AG (TKW) und der Salzburger AG für Elektrizitätswirtschaft (SAFE), der die Aufteilung von Kosten und Leistungen bei der Errichtung von "Gemeinschaftskraftwerken" festlegen sollte. Die Planung und Ausführung der Bauten oblag der Planungsabteilung der TKW mit ihrem Hausarchitekten Konrad Aufhammer, der spätere Betrieb der SAFE. Die Baukosten sowie die Eigentumsrechte wurden an beide Firmen zu gleichen Teilen vergeben.
1981 erfolgte die Genehmigung für einen sechsstufigen Ausbau durch Beschlüsse der Aufsichtsräte beider Gesellschaften. Alle Kraftwerke sollten mit drei Wehrfeldern mit Segmentschützen und aufgesetzten Klappen sowie je zwei horizontalen Kaplan-Rohrturbinen mit Drehstromgenerator ausgestattet werden.
Bischofshofen war das erste Glied dieser Kraftwerkskette, für deren architektonische Gestaltung Konrad Aufhammer verantwortlich zeichnete. Nach der Erteilung der Baugenehmigung am 6. April 1982 begannen im darauf folgenden Juli die Vorarbeiten für die Salzach-Umleitung. Zur Koordination der Arbeiten kam erstmals das in Deutschland entwickelte System "Kybernetische Organisation, Planung und Führung" (K.O.P.F.-System) zur Anwendung, welches eine übersichtlichere Einteilung der Arbeiten und eine einfachere tabellarische Abrechnung ermöglicht hat.
Als Baugruben-Umschließung wurden bis zu 40 m tiefe verankerte Schlitzwände angeordnet, daran anschließend folgten Dicht- und Schmalwände. Ergänzend dazu wurde die Baugrube ober- und unterwasserseitig durch 20 m tiefe Schmalwände geschlossen. Die Schalungen für das Betonieren der Turbineneinläufe und der Saugrohre waren so ausgelegt, dass sie bei allen vier Bauvorhaben wiederverwendet werden konnten. Nach der Salzach-Rückleitung durch die fertig gestellte Wehranlage begann die VÖEST Alpine AG mit der Montage der beiden Turbinen. Mit den Inbetriebnahmen der Maschine 1 am 19. November 1984 und der Maschine 2 am 15. März 1985 ging das Kraftwerk in Betrieb. Die Fertigstellungsanzeige wurde am 13. Jänner 1987 eingereicht.
Zur selben Zeit wie der Kraftwerksbau wurde auch die benachbarte Pinzgauer Schnellstraße S11 und das Abwasserprojekt Salzach-Pongau errichtet. Besonders im Rückstauraum musste der Straßenverlauf dem neuen Uferverlauf angepasst werden. In der Zeit unmittelbar nach dem Bau hatten die SAFE, die Salzburger Stadtwerke und die TKW ein Strombezugsrecht in Bischofshofen. Heute erfolgt die Ableitung der elektrischen Energie ins 30 kV-Netz der Salzburg AG (vormals SAFE), die auch seit 1985 die Betriebsführung inne hat.
In den Jahren 2004 bis 2005 wurde die gesamte Leittechnik des Werks sowie die Rechnerausstattung erneuert.