Die Anlage besteht aus einem am linken Ufer angeordneten Wehr und anschließendem Krafthaus. Im Rückstau wird das Gelände durch Dämme geschützt. Das trifft auch für die Isen zu, die oberhalb der Neuöttinger Brücke einmündet und daher eingestaut wird. Deshalb musste der Unterwasserkanal des Kraftwerks Enhofen der Stadt Mühldorf, der Aubach, mit einem Düker unter der Isen hindurch in das Unterwasser der Stufe eingeführt werden.
Typisch sind die Flachbauweise und die dadurch erforderlichen Portalkräne mit beidseitigen Auslegern.
Abweichend von der vorher gewählten Anordnung der Flusskraftwerke, wurde in Neuötting das Krafthaus in den Stromstrich gelegt. Dadurch sollte Verlandungen durch Schlick und Sand nach Stillstand der Turbinen vorgebeugt werden, Erfahrungen die man bei anderen Anlagen gemacht hatte.
Der Standort der Staustufen unterhalb der Neuöttinger Marienbrücke ergab sich nach eine rReihe von Probebohrungen, bis im Untergrund eine ausreichend mächtige Flinzplatte und eine geringere Druckhöhe des artesischen Tiefenwassers festgestellt wurde.
Am linken Ufer, in gleicher Flucht mit der gesamten Anlage, wird das restliche Aubach-Gefälle durch ein Kleinkraftwerk genützt. Bei einer durchschnittlichen Wasserführung von 5,5 m3/s beträgt die Leistung 145 kW und die Jahreserzeugung im Durchschnitt 1 GWh.