Der Bau des Inn-Kraftwerks Oberaudorf-Ebbs sollte die Lücke zwischen dem Kraftwerk Nußdorf bei Fluss-Kilometer 198,7 und dem Kraftwerk Kirchbichl bei Fluss-Kilometer 229,8 schließen. Die österreichische Wasserrechtsbehörde hatte die Genehmigung des 1982 in Betrieb genommenen Kraftwerks Nußdorf bei Rosenheim vom anschließenden Bau des Oberlieger-Kraftwerks Oberaudorf-Ebbs abhängig gemacht.
Auf Grund des öffentlichen Widerstands gegen den Kraftwerksbau war ein fünf Jahre dauerndes Genehmigungsverfahren notwendig, das Anfang Februar 1988 zum Baubeginn führte. Von bayerischer Seite gab es keine Einwände, auf österreichischer erhoben jedoch 60 Parteien beim Verwaltungsgerichtshof Beschwerde gegen den österreichischen Wasserrechtsbescheid, was ab 8. März 1988 zu einem einjährigen Baustopp führte. Erst nach Genehmigung einer Reihe von zusätzlichen Maßnahmen konnten im Februar 1989 die Arbeiten wieder aufgenommen werden.
Das Kraftwerk wurde in Trockenbauweise in einer Baugrube im ursprünglichen Flussbett hergestellt. Hierfür musste der Inn auf einer Länge von etwa 500 m in ein provisorisches Umleitungs-Gerinne geleitet werden, das linksufrig geführt wurde und am 20. April 1989 fertig gestellt war. Eindringendes Grundwasser in die offene Baugrube machte umfangreiche Abdichtungs-Maßnahmen erforderlich. Im Sommer 1989 begann man mit dem Auspumpen der Baugrube und Mitte Dezember 1989 konnte der erste Beton verarbeitet werden. Ende 1991 wurde nach etwa zweijähriger Bauzeit die Baugrube wieder geflutet.
In den Jahren 1990 bis 1992 fanden die Eintiefungsarbeiten im Unterwasserbereich statt. Ende Jänner 1992 konnte schließlich der Inn in sein altes Flussbett rückgeleitet und Ende März 1992 mit dem Aufstau begonnen werden. Die Montagearbeiten im Krafthaus setzte man im Schutze der versetzten Dammbalkenverschlüssen fort. Am 27. April 1992 wurde die erste Maschine, am 31. Juli 1992 die zweite Maschine in Betrieb genommen. Der Höchststand an Arbeitskräften auf der Baustelle wurde mit 444 Personen verzeichnet.
Mit der Errichtung von Oberaudorf-Ebbs war der Ausbau des Inn zwischen Kufstein und der Mündung abgeschlossen. Beim Bau wurde besonderer Wert auf naturnahen Wasserbau mit Erhaltung bestehender Gehölze und Schaffung von Entwicklungsmöglichkeiten für ein Augebiet gelegt. Seit 1999 wird der Betrieb durch die Grenzkraftwerke GmbH. geführt.
Seit 24. April 2013 ist das Kraftwerk Oberaudorf-Ebbs im zu 100% im Eigentum von VERBUND.