Das Inn-Kraftwerk Passau-Ingling stellt das einzige Werk an diesem Grenzfluss dar, dessen ungefähre Lage und Ausführung in allen Rahmenplänen seit 1908 vorgesehen war. Zur Ausführung kam schließlich der von der Siemens-Schuckertwerke AG und der Innwerke AG ausgearbeitete Rahmenplan für den Ausbau des unteren Inn. Passau war somit die fünfte Stufe zwischen der Salzach-Mündung und der Mündung des Inn in die Donau.
Der Beschluss zum Bau erfolgte am 6. Oktober 1961 vom Aufsichtsrat der Österreichisch-Bayerischen Kraftwerke AG (ÖBK). Die Lage wurde bei Strom-km 4,2 festgelegt, da nur an dieser Stelle der Fluss eine Breite aufwies, die sowohl Krafthaus als auch Wehranlage ohne nennenswerte Verbreiterung aufnehmen konnte. Geologische Voruntersuchungen zeigten, dass bis auf einige Störungszonen im Bereich der Wehranlage durchgehend mittelkörnige Mischgneise und Mischgranite eine problemlose Fundierung des Kraftwerks ermöglichten. Im Frühjahr 1962 wurden bereits kleinere Vorarbeiten vorgenommen, im Juli erfolgte die Vergabe des Hauptbauloses an eine Arge bestehend aus drei deutschen und drei österreichischen Firmen. Im Rahmen der Baustellenerschließung musste entlang des deutschen Innufers ab Mai 1962 eine 1,5 km lange Zufahrtsstraße für Schwerlasten von Passau aus gebaut werden. Da auf dem Inn keine Groß-Schifffahrt mehr betrieben wurde, war in dem Projekt keine Schleusenanlage vorgesehen. Am rechten Ufer wurde jedoch eine spätere Nachrüstungsmöglichkeit eingeplant.
Die Bauarbeiten begannen auf der österreichischen Seite mit der Errichtung einer Arbeitsbrücke und der Umspundung der Baugrube A im Oktober 1962. Im Verlauf der folgenden Jahres konnten die östlichen vier Wehrfelder betoniert und mit Wehrbrücken versehen werden. Der dafür notwendige Fertigbeton wurde von der benachbarten Betonfabrik mit einer Stundenleistung von 70 m³ geliefert. Der höchste Beschäftigungsstand auf der Baustelle wurde im April 1963 mit etwa 1.000 Arbeitern registriert. Im Oktober 1963 wurden die Baugrubenumschließung gezogen und die westliche Baugrube B für das Krafthaus und das fünfte Wehrfeld umspundet und leergepumpt. Im Jänner 1964 begannen die Aushubarbeiten für die Fundamente, ab April wurde mit dem Betonieren der Fundamente für das Krafthaus sowie der Einlauf- und der Saugrohrsohlen begonnen. Mit der Turbinen-Vormontage konnte im Juli 1964 begonnen werden, die Flutung der Baugrube B fand im April 1965 statt.
Bereits zwei Monate vor dem Plan erfolgte das Andrehen der Maschine 1 am 17. Juli 1965 statt. Die weiteren Turbinen folgten am 27. August und am 2. November 1965 sowie die Maschine 4 am 4. Februar 1966. Mit dem Abschluss der letzten Ufer-Sicherungsmassnahmen im März 1966 wurden die Bauarbeiten beendet.
Die Lage direkt an der Staatsgrenze zwischen Österreich und Deutschland machte die Einrichtung einer abgezäunten Enklave notwendig, deren Zugänge von Grenzpolizisten beider Länder während der gesamten Bauzeit überwacht wurden. Auf der deutschen Seite wurde nicht nur das Krafthaus situiert, sondern auch die Bauleitung, Arbeiter-Wohnlager, Werkstätten, die Kiesaufbereitung und die Betonfabrik, weil sich die Bahngleise der Strecke Wien-Passau auf der österreichischen Seite nur 70 m vom Flussufer entfernt befanden. Diese Bahnlinie erforderte auch im Rückstaubereich umfangreiche Vorschüttungen, um bei erhöhtem Wasserstand im Staubereich ein Abrutschen der Bahndämme zu verhindern. Fünf Pumpwerke mussten zur Regulierung der Wasserhaltung gebaut werden. Im Ortsgebiet von Wernstein wurde ein Schutzdamm errichtet, der den Abriss einiger Wohnhäuser in Ufernähe erforderlich machte. Für die Bewohner dieser Bauwerke wurden von der Österreichisch-Bayerischen Kraftwerke AG Ersatzbauten zur Verfügung gestellt. Ebenfalls noch im Rahmen der Vorarbeiten errichtete der Bauherr eine Werkskolonie bestehend aus zwei Reihenhausriegeln neben der geplanten Freiluft-Schaltanlage, die während der Bauzeit als Unterkunft für die Arbeiter diente.
Mitte der 1980er-Jahre erfolgte der Zubau von sechs Garagen neben dem Betriebsgebäude, 2000 die Errichtung einer Unterwasserbrücke als öffentlicher Rad- und Fußgänger-Übergang auf Kosten der benachbarten Gemeinden. Seit dem Jahr 1999 wird das Kraftwerk Passau-Ingling von der Grenzkraftwerke GmbH. geführt und vom Leitkraftwerk Braunau-Simbach ferngesteuert.