Bereits um 1900 gab es Pläne zur Errichtung eines Wiener Großhafens mit Staumauer, Schleusen und einem Kraftwerk. Ein erster "Donau-Rahmenplan" von 1917 sah neun Staustufen an der österreichischen Donau mit einer Staustufe bei Wien vor. Bis 1984 wurden in Österreich acht Donaukraftwerke errichtet. Die Proteste in Hainburg vom Dezember 1984 hatten jedoch ein Umdenken für alle weitere Kraftwerksprojekte zur Folge.
Nach ersten Entwürfen im Jahr 1985 führte die Österreichische Donaukraftwerke AG 1986 bis 1988 einen zweijährigen Wettbewerb "Chancen für den Donauraum Wien" durch. Gleichzeitig zum Wettbewerb für Ziviltechniker fand ein Wettbewerb für Studenten, Hochschulabsolventen und Fachleuten aus anderen Disziplinen und ein Ideenwettbewerb für die Wiener Bevölkerung statt. Als Ergebnis der ersten Wettbewerbsphase wurde die Errichtung einer Staustufe im Wiener Donauraum in Aussicht genommen. Aus der zweiten Wettbewerbsphase ging das Projekt von TEAM 3C mit dem Architekten Albert Wimmer, dem Wasserbauer Herwig Schwarz und den Landschaftsplanern Gottfried und Anton Hansjakob als Siegerprojekt hervor. Die Pläne für das Informationszentrum stammen von Architekt Laszlo Krismanicz aus Baden.
Durch die Lage am Rand der Stadt Wien wurde besonderes Augenmerk auf die Gestaltung des Kraftwerks gelegt. Ein Wunsch der Stadt Wien war es, den im Betrieb ruhigsten Teil der Anlage, also die Wehranlage, bei der Donauinsel zu situieren und lediglich einen Übergang für Fußgänger und Radfahrer, nicht jedoch für den Autoverkehr einzurichten.
Ende 1988 folgte die Einreichung des Projektes durch die Österreichische Donaukraftwerke AG bei der Obersten Wasserrechtsbehörde im Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft. Gleichzeitig arbeitete man eine Umweltverträglichkeits-Erklärung aus, auf deren Basis die Umweltverträglichkeitsprüfung gemäß des Wasserrechtsgesetzes im Jänner 1991 positiv abgeschlossen werden konnte. Anschließend führten die Stadt Wien und die Österreichische Donaukraftwerke AG eine umfassende Information der Öffentlichkeit über den geplanten Kraftwerksbau durch. Im Mai 1991 fand in Wien eine Volksbefragung statt, bei der sich die Bevölkerung für die Errichtung des Kraftwerks aussprach. Von Mai bis Juni 1991 wurde die wasserrechtliche Hauptverhandlung über das Projekt abgewickelt, zu der insgesamt mehr als 40.000 Parteien geladen waren. Mit der wasserrechtlichen Grundsatzgenehmigung vom 31. Juli 1991 war dieses Verfahren abgeschlossen. Darüber hinaus mussten noch eine Reihe weiterer Bundes- und Landesverfahren abgewickelt und etwa 500 Umweltauflagen umgesetzt werden.
Der Bau wurde in den Jahren 1992 bis 1998 ausgeführt. Während der gesamten Bauzeit blieb die Hochwasserabfuhr und die Schifffahrt gewährleistet. In der Bauphase I, die von Oktober 1992 - Juni 1995 dauerte (Bauphase I a von Oktober 1992 bis September 1993, Bauphase I b von Oktober 1993 bis Juni 1995), stellte man jeweils in einer eigenen Baugrube die Schleusen-Südkammer und die Wehranlage her, wobei für letztere bei der Donauinsel eine Bucht angelegt wurde. Die Schifffahrtsrinne lag zunächst in der linken Stromhälfte und wurde mit Errichtung der linksufrigen Wehrbaugrube in die Strommitte verlegt. Seit Beginn der Bauphase II im Juli 1995 wurde die Schifffahrt über die neue Schleusensüdkammer abgewickelt, die Wasserabfuhr erfolgte über die Wehranlage. In der Strommitte befand sich die Inselbaugrube für die Errichtung des Krafthauses, der Schleusen-Nordkammer, des Füll- und Entleerungsbauwerks, der Kraftwerksinsel und des Betriebsgebäudes.
Am 22. Oktober 1996 trieb der slowakischen Schubverband "Dumbier" in die Wehranlage des Kraftwerks. Dabei starben acht Matrosen, nur einer überlebte das Unglück. Die Bergung des Schiffes gelang erst im Frühjahr 1997.
Das Krafthaus war für sieben Maschinensätze konzipiert worden, jedoch wurde die Anzahl schließlich auf sechs reduziert und im siebten Pfeiler stattdessen ein Montageplatz angeordnet. Im März 1996 wurde durch einen Teilstau der Wasserspiegel der Donau um etwa 6 m erhöht. Nach dem Vollstau im November 1997 war die Erhöhung des Wasserspiegels um 8,3 m erreicht. Im Februar 1998 war die Bauphase II und damit der Bau des Kraftwerks abgeschlossen. Seit April 1998 läuft das Kraftwerk in Vollbetrieb.
Für die Errichtung des Kraftwerks waren im Umfeld und im etwa 28 km langen Stauraum eine Reihe von Maßnahmen erforderlich. So wurde die Einfahrt in den Hafen Freudenau um etwa 40 m nach Süden verlegt, ebenso der Trenndamm zwischen Donau und Hafen und das Südufer des Vorhafens. Um für die Schiffe eine Durchfahrtshöhe von acht Metern gewährleisten zu können, wurden die Tragwerke von Nordbahnbrücke, Ostbahnbrücke und Praterbrücke gehoben. Die Arbeiten im Umfeld des Kraftwerks begannen im Herbst 1994 am rechten Donaudamm zwischen dem Hauptbauwerk und dem Wehr Nußdorf mit Dichtungsarbeiten im bestehenden Hochwasserdamm. Das linke Donauufer wurde im gesamten Bereich der Donauinsel nach ökologischen Vorgaben ausgestaltet. Dichtungen wurden gemäß ökologischer Auflage nur beim Biotop "Toter Grund", sowie zum Schutz der Anlagen des Kraftwerks Donaustadt ausgeführt. In Niederösterreich wurden am rechten Donauufer ökologische Verbesserungsmaßnahmen vorgenommen, am linken Donauufer wurde eine Drainageleitung mit einem Pumpwerk errichtet.
1997 bis 2000 baute man in die Schiffsschleuse eine Matrixanlage ein, die insgesamt 5 MW erzeugt. Nach dem Salzach-Kraftwerk Wallnerau wurden im Jahr 2002 die Kraftwerke Ybbs-Persenbeug und Freudenau nach dem "Renewable Energy Certificate System" (RECS) zertifiziert. 2006/07 wurde ein Tausch der Generatoren vorgenommen. Die Schaltwarte Freudenau übernahm ab 8. Jänner 2007 die zentrale Steuerung für alle Donaukraftwerke.