Neben den technischen Neuerungen in den Jahren 2010 bis 2013 wurden auch umfangreiche ökologische Maßnahmen rund um das Kraftwerk gesetzt: So wurden im Stauraum beim Wehr Zlatten sieben naturnahe Inseln mit 2.500 m2 Fläche aufgeschüttet und die Uferbereiche des Oberwasserkanals mit Steinschüttungen versehen. Diese Maßnahmen bieten neuen Lebensraum für Jungfische. Weiters wurde die Restwasserdotation der Mur im Bereich des Kraftwerks erhöht.
Ebenso wurde die schon 1996 errichtete Fischwanderhilfe am Kraftwerk Pernegg in Form eines naturnahen Tümpelpasses im Rahmen der Modernisierung verbessert. Die bestehenden Tümpel und Gräben wurden zu einem Nebengerinne verbunden, um zusätzlichen Lebensraum zu schaffen. Die Fischwanderhilfe ist insgesamt 350 m lang und überbrückt eine Höhendifferenz zwischen Stauraum und Unterwasser des Wehrs von 11,7 m.
